在1990年的股价暴跌中，有人认为美资证券公司和美国的对冲基金操纵了日本股票市场。
具体操作假设如下：在1989年日本开始实施紧缩货币政策之后，经验丰富的美国机构投资者一面继续买进对日经225指数影响大的成份股，通过推动少数成份股的上涨，从而使日经225指数维持涨势。与此同时，在日经225指数期货市场大量抛空日经225指数期货。
当在日经225指数期货市场上积累了足够的抛出仓位后，开始大量抛出对日经225指数影响大的成份股票，推动日经225指数快速下跌。同时，在日经225指数期货市场大量抛空，使日经225指数期货快速下跌。这样，股票市场和股票指数期货市场相互推动，引发股票市场的恐慌情绪，导致两个市场不断下跌。
美国的机构投资者通过挤破日本股票泡沫大赚了一笔。根据美国老虎基金高级分析师罗伯特·塞特隆的回忆，老虎基金从1990年初开始抛空日本股票市场，直到1997年亚洲金融危机时，还持有大量的日本股票市场空单。而日经225指数从约39000点跌到97年的16000点上下，盈利之丰厚令人无法想象。
1989年末和1990年初只是日本股票市场恶梦的开始，自那时候开始，日本股票市场陷入长达十多年的熊市之中。到了2003年3月12日，日经指数跌破8000点大关，收于7862。3点，这是1983年1月以来的最低点，即跌破20年来的最低点。与1989年的最高点相比，日本股市已经跌掉了80的价值。
股市长期下跌成了日本经济的致命疾病。日本的银行和保险公司等企业持有大量日本股票，股市大跌对银行保险业将产生隐性损失，进一步引发金融危机的可能性。
股票市场长达十多年的大熊市使日本许多上市公司的股票市值跌破了公司净资产，根据美国波士顿咨询公司(bcg)东京事务所的统计数据，截至2002年9月13日，日本东京证券交易所一部1505家上市公司中，有854家公司的股价跌破净资产，占公司总数的57。在东京证券交易所一部和二部的上市公司中，连续3个财政年度市值低于净资产的公司有577家，连续两个财政年度利润大幅度下降的有192家，发生亏损的公司有95家。由于经济不景气，2002年，日本上市公司的利润大幅度下降。根据2002年3月的统计数字，日本上市公司的利润总额从2001年3月的7。2兆日元(约合590亿美元)降到2002年3月的1。9兆日元(约合156亿美元)，降幅高达74。
一般来说，当公司股票市值低于公司净资产的1。7倍时，该公司就极具被收购的价值。所以，这几年，先是欧美企业、然后是亚洲企业纷纷跑到日本去收购企业。2001年，根据东京工商调查的数据，外资对日本企业的并购案超过150起。这里面包括法国雷诺汽车收购日本日产汽车，美国福特收购日本马自达公司，也包括上海电气集团收购日本第三大印刷机企业日本秋山公司等。
房地产泡沫的破灭
1990年，日本房地产泡沫破灭。导致房地产价格下跌的原因有二：其一是银行利率的连续大幅度提高。其二是政府紧缩对房地产企业的贷款。
1990年4月，日本大藏省开始就日本金融机构的房地产贷款进行总量控制。从此，日本房地产进入长达10多年的衰退寒冬。该图显示，自1990年4月开始，日本土地价格开始了漫长的跌势。到2002年，与1990年的最高点相比，日本六大城市的土地价格下跌了约80，与日本股票市场的跌幅相近，基本回到了20年前的价格水平。其中尤以1991—1992年的跌幅最大，1992年3月与1991年3月相比，跌幅高达20以上，1995年以后，每年的跌幅维持在10上下。
日本土地价格和住宅价格长期持续下跌，严重打击了日本建筑业，日本的许多建筑企业相继破产倒闭，以2000年为例，2000年日本建筑行业的破产企业达到了6214家，占全部破产企业的三分之一，2000年建筑企业的破产数量比1999年增加了33。6，这同时也是1984年以来建筑业年破产企业首次超过6000家。
日本银行的巨额坏账
在房地产价格暴涨时代，银行放出了巨额的房地产贷款。房地产泡沫的破灭使巨额房地产贷款成为坏账。
根据1998年的银行统计数据，日本全国银行的不良资产已经超过100万亿日元，估计需要做销账处理的不良资产大致为60万亿日元。而美国高盛公司则认为，日本银行业的坏账已经达到237万亿日元的水平，约占日本年度国内生产总值(gdp)的一半。
1985年以来，日本的利率水平持续走低，1986年1月以来，为刺激国内经济和遏制日元持续大幅度升值，日本中央银行贴现率连续5次降低，由5降到了1987年2。5的超低利率水平，这是日本战后以来的最低水平。并且这一超低利率水平一直持续了到1989年5月。在这段时间里，日本长期实施低利率政策的主要原因有二：一是美国的国际政策协调的要求，二是为了支撑美元，因为低利率政策可以引导日本资金持续流入美国，为美国的财政赤字提供资金，防止美元在巨额贸易赤字压力贬值。
正是这一时期的低利率政策导致日本的地产和股市大泡沫。
由于日本实施超低利率的货币政策，使得大量社会资金需要寻找新的投资方向。在日本，土地和股票是日本投资者主要的投资对象，这两大投资对象之所以值得投资是因为它们的供应量是受到限制的。
由于股票市场上涨，企业股票融资成本不断降低。在股票看涨预期作用下，许多公司开始发行可转换公司债券和附带认股权证的公司债券，债券的利率非常低。如果在欧洲债券市场发行日元可转换公司债券，有时还会出现负利率。这是因为在1985年广场协议后，投资者对日元升值的预期很高，导致日元远期汇率远远高于现汇汇价，日元预期升值幅度超过债券利息。实际上，与国内相比，日本许多大企业更倾向于在欧洲债券市场发行日元债券融资，因为欧洲债券市场的融资成本比国内更低。以1994年为例，欧洲日元债券的发行总额为108600万亿日元，而日本国内“武士债券”的发行总额为11100万亿日元，欧洲日元债券的发行额是国内“武士债券”的发行额的近10倍。
由于企业通过发行股票和债券的融资成本很低，所以许多企业的融资方式从银行融资转向证券市场融资。这些企业从证券市场筹集巨额资金后，除了用于设备投资、土地和股票投机外，也用于偿还银行的贷款。这使得银行不仅失去了优质企业贷款客户，而且贷出去的钱也被归还。结果造成银行资金严重过剩，迫切需要寻找投资方向。
于是银行资金大量投向房地产企业和建筑公司。在土地泡沫时期，不管是谁，只要有土地作担保，银行就提供贷款。并且在计算土地担保价值时按土地市场价格的120计算，这样计算的理由很简单，土地价格在不断上升。这种做法也只有在经济狂热的日本才见得到。
不仅在国内如此，在国外也是如此。由于日元持续大幅度升值，银行感到国外所有的房地产都很便宜。只要企业提出贷款资金是用于房地产收购或建造，银行一般都会很爽快地给予贷款支持，审查条件很宽松。
在房地产和股票价格泡沫期间，日本国民的资产增加了1000万亿日元，许多日本人成了大资本家，一时非常富有。高级娱乐活动流行，高级观光饭店客满为患。开发商不仅在日本国内开发豪华的观光设施，同时也在世界各地到处兴建豪华宾馆、饭店和旅游设施。
在1989年股票泡沫破灭，1990年房地产泡沫破灭后，股票和地产价格进入快速下跌过程中，许多房地产企业和建筑企业陷入财务危机，银行的巨额贷款也就这样成了不良贷款，出去容易，回来难。
此外，由于房价快速下跌，导致市场房价大大低于在银行的房屋抵押价值，许多日本人选择拒绝还款，把房屋所有权让给银行。如果需要居住，自己再从市场上低价买房。这使得银行大量的房屋抵押贷款变成了价值不断缩水的房屋资产。